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使用超聲波DNA打斷儀可以有效提高測序文庫的構建效率

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  傳統的DNA打斷儀(即破碎儀)以接觸式打斷儀為主,在安全性、精密度、反應效率、反應邊界條件和反應均勻度方面存在一定的不足,難以滿足實驗種類的多樣性、安全性、多通道、防病毒交叉感染等要求。
 
  超聲波DNA打斷儀采用非接觸式超聲波粉碎技術,適用于具有特殊需要的反應體系,與傳統接觸式打斷儀相比,在安全性、精密度、反應效率、反應邊界條件和反應均勻度等方面均表現突出的優勢,已經成為CHIP(染色質免疫共沉淀)研究平臺*的標準化工具。
 
  該儀器包括:在二價陽離子、隨機DNA雙鏈結合蛋白、非離子表面活性劑和單價鹽存在下,DNA分子被打斷??梢杂行岣邷y序文庫的構建效率。
 
  DNA分子的雙螺旋結構是兩個脫氧核苷酸長鏈通過內部氫鍵形成的堿基對穩定地平行連接,堿基對之間的縱向相互作用進一步提高了DNA分子的穩定性,因此DNA分子的雙螺旋結構是一種相對穩定的結構。
 
  隨著高通量測序(NGS)技術的發展和成熟,其在科研、診斷和體檢中的應用范圍不斷擴大。除了市場的擴大,測序技術本身的發展也有所放緩,制約技術擴展和應用的瓶頸逐漸顯現。
 
  如今,NGS樣品制備的瓶頸效應越來越明顯,新的試劑和儀器不斷涌現,以縮短時間,提高通量。同時,不斷開發新的方法來處理較少的樣品起始量等。
 
  目前常用的脫氧核糖核酸(簡稱DNA)分子片段化方法有四種,即DNA限制性酶切法、流體力學剪切法、超聲波破碎法和噴霧霧化法,各有優缺點。
 
  長鏈DNA(通常稱為生物染色體DNA)片段化的主要原因是短的DNA片段有利于DNA分子的快速雜交和高靈敏度的靶標檢測,而片段化是NGS文庫構建過程中不可避免的過程。
 
  超聲波DNA打斷儀器是一種基于流體力學剪切法和超聲波壓裂法的破碎方法,是DNA分子破碎的推薦方法。另外,由于DNA分子本身的特異性,比如甲基化修飾的程度,會改善分子本身的特性。
 
  使用力學方法,該區域將具有不同于其他區域的斷裂比(概率),從而在一定程度上引入了力學中斷的偏好。采用低成本非限制性內切酶法,擺脫了中斷儀器的限制,建立了適用于一般分子生物學實驗室和高通量NGS文庫建設實驗室的DNA中斷方法。

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